De koers van iedere wijkgemeente wordt uitgezet door de kerkenraad. Deze bestaat uit ouderlingen, diakenen en de predikant. De diakenen zorgen ervoor dat de kerk hulp biedt aan mensen die dat nodig hebben, dichtbij of ver weg. Ouderlingen hebben samen met de predikant de pastorale zorg voor de gemeenteleden. Enkele ouderlingen, de zogenaamde kerkrentmeesters, hebben als speciale taak dat zij zorg dragen voor de financiën van de kerk.

Het moderamen is het dagelijks bestuur van de wijkgemeente, en wordt gevormd door dominee, voorzitter, scriba en een vertegenwoordiging van ouderlingen, diakenen en kerkrentmeesters.