Op 1 januari 2013 is de Protestantse Gemeente te Pijnacker en Delfgauw opgericht. Deze gemeente bestaat uit vier wijkgemeenten. De gemeente wordt bestuurd door de Algemene Kerkenraad en vier wijkkerkenraden.
Het College van Diakenen zorgt voor gemeenteleden en anderen, die hulp nodig hebben. Zo werken de diakenen mee aan de Voedselbank. Ook letten zij erop dat mensen niet vereenzamen. Zij zamelen geld in voor hulpprogramma’s in binnen- en buitenland.
Het College van Kerkrentmeesters zorgt voor het beheer van de gebouwen, de begraafplaats en de financiële middelen.
De Protestantse Gemeente te Pijnacker en Delfgauw is lid van de Protestantse Kerk van Nederland. Zij is ingedeeld bij de Classis Zuid-Holland Noord.
De Protestantse Gemeente is ook betrokken bij het Beraad van Kerken Pijnacker. Vanuit dit beraad vinden activiteiten plaats als de oecumenische vieringen en de jaarlijkse tentviering Anders Oranje.